La fauna y la vegetación de la reserva ecológica de la costanera sur de Buenos Aires tienen un escenario muy activo en las cuatro lagunas que posee esta área en el este de la ciudad.
La laguna de los coipos es la más famosa, porque se observa desde la costanera sur sin necesidad de entrar a la reserva.
Es muy alargada de norte a sur y muy estrecha de este a oeste, y se ubica en el linde occidental de la reserva.
El istmo recorrido por el llamado «camino de los lagartos» la separa de los otros dos espejos de agua: hacia el noroeste, la laguna de las gaviotas; y hacia el suroeste, la laguna de los patos.
Estas dos lagunas están separadas por un estrecho istmo recorrido de oeste a este por el camino del medio.
Además de estas lagunas se encuentra en el extremo noreste la pequeña laguna de los macáes.
Estas lagunas poco profundas ocupan aproximadamente un tercio del área de la reserva ecológica.
Se secaban en septiembre y recuperaban el agua en marzo con las lluvias pero desde 2005 la sequía se profundizó y en 2008 todas estas lagunas se secaron casi por completo.
A inicios de 2013 se comenzó a bombear aguas desde el vecino río de la Plata por un conducto en un canal llamado Viamonte que circula a cielo abierto y luego por tubería hasta la laguna de los coipos, y de este modo un conjunto de canales lleva el agua también a las lagunas de los patos y las gaviotas.
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